의·한 협진 2단계 시범사업이 출범하기도 전에 대한의사협회(회장 추무진)의 반대로 표류하게 생겼다. 

대한의사협회(회장 추무진)는 지난 21일 1단계 시범사업에 대한 객관적 검증 없는 정부 주도의 의·한 협진 2단계 시범사업의 즉각적 철회를 요구하였다. 

보건복지부는 지난 9월 15일 개최된 건강보험정책심의위원회에 1단계 시범사업에 이어 협진 대상 질환을 확대하고 협진의 효과성 검토 등을 위한 의·한 협진 2단계 시범사업 계획을 보고한 바 있다.

이에 의사협회는 그동안 의·한 협진 제도가 유명무실화한 것은 한방행위와 한약의 표준화 및 과학화에 대한 총체적 관리기전이 없고, 임상적 유효성에 대한 객관적 검증 체계가 마련되지 못했기 때문이라고 주장하였다. 

또한, 한방의료 행위는 과학적 근거가 없다고 주장하였으며, 한방과 양방의료의 불필요한 협진보다 양방과 한방의 실체에 대해 보다 면밀한 정보를 제공하여 국민들이 필요한 의료서비스를 선택할 수 있도록 할 것을 주장하였다. 

하지만, 의협은 식품용 한약재에서 발암 물질이 검출된 것을 의약품용 한약재에서 마치 발암물질이 나온 것으로 강조하는 등 현재 양한방이 서로 줄다리기를 하고 있는 한의사의 현대의료기기 사용에 대한 의료법 개정에서 유리한 고지를 선점하려고 한의사 폄훼에 무리수를 두고 있다는게 한의계의 시각이다.